G4Atlas从Flask迁移到Fastapi

G4Atlas是我2022年写的Flask+postgres的生物学数据库项目。当时写的时候也是各种不熟悉，因为此前有Flask的经验，因此写起来还算顺利。之后这个服务器商各种BUG，但是迁移是个大问题，再加上太忙，以至于每次都放弃。今天借助AI，终于完成了全部的重写，感叹生成式AI对于开发帮助实在是太大了。

• 一大堆IDEA等于放弃
• AI好厉害
• 一个个解决

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1. 迷失在代码堆

之前的梦想就是自己做的数据库可以发表在NAR上，这个也是大多数生信人的梦想吧。

非常幸运，2022年我的数据库G4Atlas被发表了。这个是我做的第二个数据库，第一个是RSVdb，现在已经年久失修同时我没权限，无能为力。这次我用的还是Flask技术栈，因为此前有经验；数据库选择了Postgres，前端用Vue3写的。虽然可能数据库文章对于生信人找工作不太有帮助，但是我真的非常开心。

之后总想不断的更新数据库，加入新的数据。又一次有很的文章出来了，我做了全部处理，但是在写入数据库的时候发现我当时设计的怎么这么不合理，非常不利于扩展。所以我觉得我需要重新设计数据库。

数据库重新设计了一遍，具有很强的扩展性了，还没放数据，觉得flask这种架构太慢了，于是想换成fastapi。那么这样后端就需要重新写。

当时后端有大概30个左右api的endpoint，虽然都是python，但是格式迁移起来也是个麻烦事。

之后我发现我第一次写的数据库是单线程的，为什么不用异步的技术栈呢？于是可以在重新的时候改成异步，这样更好一些。

之后是前端，最初我网站路由设计的很初级，于是我需要重新设计前端路由。

之后UI也可以好好弄一下，于是我需要重新设计UI。

于是我列了一下我的TODO LIST，包括：

• 后端改成fastapi
  • 重新路由
  • 重写API
  • 改成异步数据库和对应的技术栈
• 数据库迁移
  • 数据库重新设计
  • 数据迁移
• 前端
  • 重新设计路由
  • 重新设计UI

这些模块都是相连的，比如前端换成表单，后端接收就要换，数据库model也和后端所有代码相关。因为我很难有大块的时间，比如几周，因此我需要每天挤出时间来写，甚至熬夜写。但是我最后还是感慨于工作量巨大，我估计抽空写几年都写不完，因此我放弃了。

2. AI好厉害

时间刷的一下就过去了，2024了，距离第一次发布已经过去了快3年。这段时间我还做了N多项目，其中一个最大的转变就是我走上了AI的路。

其实在我读博的时候，如果你做机器学习或者深度学习，大家比较自豪自己用ML/DL的模型，绝不会说我用AI，显得很非常傻。

然而现在在AI大语言模型和各种模型的加持下，再加上最近诺贝尔物理、化学奖都给了AI，AI这个词变成了新潮的代言。我也在用AI解析RNA功能，当然，用AI写代码已经是日常。

最初类似我说需求，AI可以给出代码。最近有一个新的技术栈，Cursor，类似于可以把代码库进行适量化，对话的时候可以从代码库中检索，之后再回答。于是我又想起了我的G4Atlas数据库。

所以我建立新的文件夹，把之前一个flask api的快速搜索放进去，然后我让Cursor读取这个文件，同时改写为fastapi，结果真成功了。

我这到这一轮我肯定可以搞定。

3. 一个个解决

之前我TODO list一大堆，如果让AI全部搞定这个是不可能的，所以我只能选择最重要的。所以我保证前端和数据库不变的情况下，我先改后端的API，不去管路由和异构数据库。终于，折腾了一天，全部搞定了。

其实用过Cursor的都知道，他强大归强大，首先你需要回提问，知道怎么知道他做事情，此外他也不能100%完成，需要你修改。不过相比之前我一行行写代码，没有任何帮助，之前真的才是叫手撸轮子。

我感觉这波类似之前的工业革命，有了生成式AI，让每个人能做的事情比值钱多了，但是这并不意味了人被淘汰了，反而让人更忙了。所以在这种情况，真的需要想清楚到底需要做什么。

希望之后的更新一切顺利