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G4Atlas从Flask迁移到Fastapi

G4Atlas是我2022年写的Flask+postgres的生物学数据库项目。当时写的时候也是各种不熟悉,因为此前有Flask的经验,因此写起来还算顺利。之后这个服务器商各种BUG,但是迁移是个大问题,再加上太忙,以至于每次都放弃。今天借助AI,终于完成了全部的重写,感叹生成式AI对于开发帮助实在是太大了。

  • 一大堆IDEA等于放弃
  • AI好厉害
  • 一个个解决

1. 迷失在代码堆

之前的梦想就是自己做的数据库可以发表在NAR上,这个也是大多数生信人的梦想吧。


Haopeng Yu大约 4 分钟Website
windows的WSL2安装mariaDB

win10或11默认用的是wsl1.wsl2推出之后本来没有动力去升级,因为相当于开了个linux模拟器,不如wsl1来的快。但项目需要把原来的数据库换到mariaDB,所以还是需要wsl2(BTW,docker也能在wsl2上跑)。这个博客记录了安装mariadb全过程。

  • WSL2安装mariaDB
  • mariaDB的初始化
  • 用了HeidiSQL,从此不用再写SQL

写在前面:

  • 数据库是啥?
    • 数据库就是很多excel存着数据,并且查找速度还很快。
  • 用哪个数据库?
    • 之前我用sqlite,很方便;之后觉得效率太低换了MySQL;然后知道MySQL的主创团队更新了mariaDB,于是就换了这个。
  • 需要学什么语言?
    • SQL;如果懒一点但是会python,可以用sqlalchemy;如果再懒一点,可以用phpMyAdmin或者HeidiSQL这种界面化的可以直接点击管理数据库的软件。

Haopeng Yu大约 4 分钟Website
Flask搭建生物学数据库全流程

今年3月开学,我们组几个人坐在休息室拉家常。我说我去年可6了,从0开始做了一个可以预测基因编辑的网页。于是他们说,为啥做基因编辑,我们这几个做RNA结构的为啥不做个RNA结构的数据库呢?于是RSVdb计划就开始了。目前数据库已经完成,功能极其炫酷,我也从一个弱鸡全栈工程师硬是被活活逼成了凑活能上的全栈工程师。在此把建站全流程和技术给大家分享一下。

  • 什么是Flask,怎么学
  • 后端
  • 前端

20210911更新
刚部署了新的服务器,还是觉得flask+uwsgi+nginx的组合还是不错的;
SQLite数据库很方便,但是效率太低,建议换成mySQL或者mariaDB,推荐后者;
前端现在流行用框架,不再是直接写js或者jquery。
我用的是vue.js(主要是上手快),还有大佬们会推荐react框架,都可以试试;
个人感觉用框架之后就回不去jquery了...

最近我会再更新一个博客,下文就不更新了

Haopeng Yu大约 11 分钟Website
初识后端

在线网站已经正常运行了好几天,这时候有一个问题突然出现了,就是我这么纯前端的做是不是代码就等于完全公开了?能不能把用户输入的序列发送到服务器,经过计算,再返回结果呢?于是,我开始接触后端,一个“弱鸡前端工程师”正逐渐转变为“弱鸡全栈工程师”......

  • 来自大佬羞辱
  • PHP,全世界最好的编程语言
  • Hello world, 阿贾克斯
  • 感想

来自大佬鄙视

前一段时间,纯前端的编程让我各种膨胀,甚至我可以一下午做好实验室的一个资源索引站点,就是把各种写好的生物信息学教程和实习资料放到上面。因为我有域名,再加上七牛云10G的免费空间,于是外链就很容易解决了,因为也不占用服务器内存,也没什么损耗,完美。


Haopeng Yu大约 5 分钟Website
网站是怎么建成的——从个人经验谈起

之前提过怎么快速学建站的各种知识和我建基因分析网站的过程。目前网站已经完工,自己在这段时间中也学到了很多建站的知识,所以上一篇是日志,那么这个就来个干货满满的技术博文好了。

  • 简单说,网站的前端和后端是啥?
  • 怎么做网页?
  • 怎么学习做网页?
  • 怎么配置后端?

简单说,网站的前端和后端是啥?

建站主要有前端和后端,前端就算做网页,后端就是做让前端正常运行的服务器相关工作(我的理解)。如果做简单的网站(现在似乎大多人都是这么干的),后端直接用各种可视化极好的用户友好型管理工具就可以完全弄好了(这个一会说)。所以,目前看起来,前端,也就是做网页更重要。


Haopeng Yu大约 10 分钟Website
论一个基因序列分析网站是怎么炼成的

最近在读《培根随笔》,感觉起这种“论XX”的题目非常炫酷。从上周三晚上,华仔给我打电话说有一个有关序列预测终止密码子的需求我能做不。作为写了Perl语言脚本处理数据N年的我,感觉这个事情非常随意。然而他说如果做成网页,那么易用性更高。于是,作为从没做过这种网站的人,开始了我第一个建站尝试。

  • 脚本VS可交互的页面
  • 逼逼自己,你都想象不到自己能干啥
  • 不用重复的造轮子
  • “百度”是IDE重要的一部分=-=
  • 你很难想象用你软件的人能傻到什么程度

Haopeng Yu大约 9 分钟Website
零基础如何学建站(基础篇)

咳咳,学做网站要学什么语言?HTML+CSS+JavaScript+BootStrap+jQuery+Aapache+MySQL+PHP,有没有被吓到。我最初就被这一大长串的名字吓到了,也是拖拖拉拉的学了好久,直到最近逼自己一口气看完之后才发现,其实没有这么可怕......

  • 网站怎么做?
  • 建站要学什么语言?
  • 怎么样继续学习?

我学建站学了好久,真的,基本都是学学就半途而废了。 也就这次趁着给实验室建站偶然间发现了技巧,终于把基础的看完了=-= 所以来和大家讲讲我是怎么从零基础开始学的,其实门槛没有那么高。


Haopeng Yu大约 8 分钟Website