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生物信息专业如何自学Python语言

Haopeng Yu大约 6 分钟

那么,接下来,我就从我个人的经验为大家说一下怎么学习Python:

  • 做生信为什么要学Python?
  • 学Python从哪入手?
  • 学Python的工具推荐(python安装、IDE等)
  • 最后几个小问题

时间过的好快,上一篇博客还是17年9月写的,现在已经到了18年4月。 这段时间,我已经全面的把机器学习和深度学习融入到我的研究中了,因为我发现这东西实在太神奇了。 做这两个“学习”,我都是用python写的,因为现在各大深度学习平台对Python支持略高,毕竟好学。

做生信为什么要学Python?##

Python
Python

Python,我的感觉,效率并不是很高,至少处理文本没有我们perl语言强大(运行效率+代码编写),所以还是那句话,要不要学python,最好先问一下你们实验室的师兄看看你以后的方向是什么,如果基因组map这种,学shell或者perl更合理。

Python最大的优势在于,有很多深度学习、机器学习的包,错了,有各种软件包支持,学起来很容易。

比如谷歌的深度学习框架,tensorflow,支持什么?支持JAVA,C和Python。前两种语言略懂,大概就是要完成一个功能,JAVA和C要比perl,python多写4倍的代码左右=-=!,并且学起来略难(我自学perl只用3天,自学JAVA用了一个月=-=)。所以相比这两种难度系数较高的,python又容易学,又能实现相应的功能,计算效率差一点怎么了,让老板掏钱买个好服务器就行了嘛→_→ 。

所以,学Python是因为,这是实现机器学习(Sklearn包)、深度学习(Tensorflow等)等最容易的方案,如果真·效率至上,建议大家还是去学JAVA或者C吧(一般没必要)。

学Python从哪入手?##

第一反应,先买书=_=!

然而,并没有看到写的和小骆驼一样好的学Python的书,现在我那本《Python基础教程》还在吃灰。

Python我记得是京东还是当当统计的最受大家欢迎的书,一搜各种畅销书,然而我给大家推荐的是MOOC中国大学慕课网的python语言程序设计:

Python语言程序设计
Python语言程序设计

Python语言程序设计,主讲人:北京理工大学,嵩天、黄天羽、礼欣open in new window

刚才登陆发现多了个标签,国家精品,好炸天。不过确实讲的好,还免费,我看完了嵩天老师的各种关于python的视频,感觉对于入门太有帮助了。所以真的强烈推荐大家学习这个就行了,至于书买不买无所谓,记好笔记就行了。

不喜欢看视频的童鞋可以看廖雪峰的python教程,写的超级好,也很有意思:

廖雪峰的pythonopen in new window

给出的宣传是:中文,免费,零起点,完整示例,基于最新的Python 3版本。是不是很心动呢?

同时跟大家说几个坑啊,有很多网站推出了,python进行深度学习的课程,大概400-5000价格不等,里面比较吸引人的就是可以让你实现,预测房价(根据面积,人口什么的做fit),预测股市(成功率50%左右),猫狗大战(用的是机器学习的方法进行图片识别),真的只是噱头,超级简单(如果涉及深度学习CNN就当我没说,一般来说就只是机器学习的简单应用),价格还超级高,土豪无视我说的这句话。

学Python的工具推荐(python安装、IDE等)##

Python的安装

其实第一个问题就是,怎么安装python =_=

当然你可以直接百度Python,之后下载

但是我更推荐你用包管理器Anaconda,界面如下:

anaconda
anaconda

因为后续你要装的包多了,就会越来越乱,自己也会很纠结,尤其是面对多个python版本切换的时候。 所以anaconda就很友好啦,自带jupyter notebook和很多数据分析的包。

友情提示,把anaconda的源换成清华大学的源,安装各种包速度超级快哦~

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

Python的IDE(就是写程序的界面)###

Python自带的写代码的东西略丑→_→,给大家看几个界面:

一般linux我们直接在Terminal里面用超级强大的vim,效果如下: vim

各个平台,功能多一些的,好看一点的推荐PyCharm和Sublime Text,下图是pyCharm: pyCharm

友情提示,pyCharm用大家在学校的教育网邮箱注册可以获得全免费哦~ 没有教育网邮箱的可以用pyCharm的免费版,社区版本也是OK的。

再推荐python的一个超级适合学习和演示的东西,jupyter notebook,界面如下: noteBook

最后的几个小问题

1. python的版本选择

其实并不是什么问题

python有Python 2.X 和Python 3.X 也就是第二版和第三版

因为这次变动改的很多,所以很多老用户不适应,因此目前两个版本都在更新。

不过,刚开始学的朋友们直接选择py3就行了,因为比如tensorflow支持的就是Python 3.X

如果你的专业的某些工具包专属于py2,你可以用anaconda切换python的版本就行了。

2. 学完python怎么学机器学习或者深度学习

机器学习的话,我继续推荐嵩天老师的课程,会教你sklearn的很多功能。

机器学习书的话,推荐周志华的西瓜书,《机器学习》,就是封面印着个西瓜的那个,畅销书。

深度学习,或者叫人工智能神经网络,推荐吴恩达的课程,现在在网易云课堂可以免费听,我就是听完那个入门的。

深度学习的书,好多,都不知道怎么推荐了

吴恩达刚写的一本还没出版,是全英文挺好的,

中文的有一本花书,《深度学习》,三个老中青大牛写的,张志华团队翻译的,网上褒贬不一,大概集中于CNN那一块,我觉得写的还不错

其实这两点可说的太多了,以后我再写个微博说好了=-=。

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