寻找最适合生信专业的笔记软件
实验笔记这个事情，导师天天跟你强调这个的重要性。记录好后至少自己的思路是清晰的，防止以后重复造轮子。好记性不如烂笔头嘛~那么问题来了，我要用啥记笔记呢？这篇博客我会把我用到的笔记类东西整理一下，谈谈优缺点，交流一下经验。
- 1.趁自己还能码！
- 2.多设备同步的笔记本软件搜罗
- 3.本地笔记软件
20230309更新
Obsidian真香😃 现在我主要的笔记都用Obsidian管理。 包括个人日记，项目进度，代码管理，这些其实都是markdown格式的，说白了就是一大堆txt在一个文件夹里。 功能上社区支持很足，有很多好用的插件可以用，如果有空我给大家介绍一下。 备份上，用同步盘（我用Dropbox）把这个文件夹同步了就可以。就算以后Dropbox倒闭了，我换个同步盘就可以了。此外Zotero还是我的文献管理软件，很好用。 总的来说：
- 知识类、工作类笔记软件：Obsidian
- 看文献：Zotero 其实Zotero的文献列表可以插入Obsidian，完美～
20211227更新 发现了一个宝藏软件，Joplin，满足我全部需求 markdown，跨平台，webDAV支持网盘实时同步，检索，导出，加密，简直就是完美的个人笔记本 同时是开源的项目，赞👍 因此，我现在笔记本更新为：
- 知识类笔记：Joplin
- 工作笔记：Joplin + Notion (老板买的团队版方便相互交流)
- 文献笔记：Zotero
20210911更新 写在前面：我用的笔记软件
- 知识类：markdown+同步盘+本地图床 or 云图床 (IDE用typora和vscode+插件)。 这样好处就是笔记纯文本，好搜索，同时迁移就是拷贝个文件夹，放在同步盘也不怕丢了，有能力的自己弄个NAS。
- 工作项目笔记：Notion，老板买的我们用，主要是多个项目组需要共享试验记录；大型数据用同步盘的共享文件夹。
- 文献笔记：Zotero，开源文献管理软件，同时可以管书、网页抓取、和ipad互传同步等等。
update: 知识类笔记此前我推荐的是git版本管理，但是我发现太麻烦了=-=，最后还是换成了同步盘...
各种软件在不断的出，我还在不断的试，随时更新。我会把我用过的以及使用感受写在下面。
1. 趁自己还能码，码！
年纪大了，反应也慢了，码代码都码的慢了。
曾经在游戏世界中叱咤风云被人膜拜的大佬，现在变成只会卖萌扣1抱大腿的咸鱼。
所以，需要在自己还能码的时候，尽可能多的把经验和代码记下来。那么问题来了，我用啥记呢？
这里就需要贴出自己的需求了，其实作为生信专业，自己的需求和广大程序员的需求类似：
1. 简单、美观得记录文字、图片、代码、公式（markdown说，干脆你报我身份证号算了） 2. 多设备同步，多设备能码（各种笔记软件和同步盘站起来了） 3. 版本管理、易于迁移、本地可用（同步盘和git？）
我对于一个理想笔记的需求：
1.1 纯文本格式的笔记
纯文本格式方便查找、管理、导入导出。
如果你笔记存的都是pdf或者word，你想从一大堆笔记中检索个东西得专业软件才行，并且应该还是挺困难的（硬盘搜索？）。但是纯文本的就是命令行cat *txt | grep "Your target"就很方便。
于是，选择余地就只有Latex和markdown了。前者专业，后者简单易用，所以还是markdown吧。
markdown支持多种语言高亮。平时，我会记录各种语言的代码，包括python, perl, R, js, html, shell, java等等。
1.2 可全局搜索
为什么不用word或者ppt记笔记，我隔壁研究生的经常用ppt记笔记我就很难理解。刚开始还好，现在一大堆PPTs，你只能搜索题目，经常需要试好多次才能找到，一毕业就可以全删了=-=。同样的问题也出现在word和pdf上。
markdown+可搜索=一大堆笔记类软件。在线备份到公司的服务器的笔记软件基本都支持全局搜索，本地的typora在19年也更新了全局搜索功能，不由得让我用了一年。
1.3 跨平台、全世界可用不容易倒闭
目前各个国家都发现了数据的重要性，目前欧洲已经出台多种政策限制数据的流通，所谓“数据主权”。所以，要全世界可用，靠某个公司感觉还是靠不住的，放本地还是靠谱，不放心还可以用私有云盘备份一份。就算网盘不靠谱，自己买个NAS不就行了。其实在硬盘从机械换成固态后，我感觉我硬盘坏的概率低了不少。目前我在国内就是重要文件坚果云备份一遍，大文件比如照片暂时放网盘，以后自己买个NAS再折腾。
1.4 最好开源
我自己本身是一个支持开源的人儿，之前也很热心公益。我觉得既然来到这个世界，就需要有一份社会责任感，如果自己的努力可以给别人带来一些方便和幸福，那我自己也会很有成就感的。我觉得封闭起来自己搞自己的没啥发展前途，全世界通力合作才是才是未来的大方向。
我觉得需要太多，如果有某一个东西能解决你全部的愿望有可能不太现实。因此我把笔记分为以下几类：
- 知识类笔记（wiki）
- 代码类
- 打字录入的经验和图片类
- 网页抓的信息
- 工作项目笔记
- 构思类
- 合作类
- 存储based笔记
- 文献类
- 项目文件类
我现在还在探索构思类笔记用哪个笔记好（用ipad画个图？感觉画完特爽，不过自己都不会再看的那种）。现在有时用xmind或者什么做思维导图。我有好的建议会及时更新
2. 目前我在用的笔记软件（实时更新）
20211227
知识类和工作笔记我用Joplin，刚发现的宝藏软件。
markdown，跨平台，webDAV支持网盘实时同步，检索，导出，加密，简直就是完美的个人笔记本，同时是开源的项目，赞👍
据说新mac m1也是支持的。
文献类依然是强大的Zotero
Zotero：开源文献管理软件，很厉害！文献重命名归类，网页抓取文献信息和pdf，插入word，提取pdf注释等等。还有大量插件可以扩展各种功能。
2. 多设备同步的笔记本软件搜罗
这类笔记本往往是把数据放在公司的服务器上，定期导出存在本地留个安心，防止公司突然倒闭。（以下排名不分先后）
- 印象笔记或者Evernote: 这是两家公司其实。老牌笔记软件，我最早的笔记软件。但感觉现在发展的太慢了，价格还不便宜。
- 有道云笔记：国内知名笔记软件，在看到和印象笔记功能类似且免费的时候，我就换过一次。导出是个问题（当时弃坑的时候只能导出pdf和二进制，不能markdown，当时坑惨我了，只能被迫放弃所有笔记，不知道现在咋样），其他觉得还不错。免费的就很够用，付费的也不贵。
Notion：新兴笔记软件。特点是在线协同，适合多人一起合作做东西。现在我用这个和多个组合作做项目，大家实验笔记写一块。问题是费用有点高，尤其是团队版本。
图 3 Roam Research：当红的Zettelkasten笔记，也就是记跳来跳去的思路。最初的免费到最后的付费，生活所迫啊。
插播一下什么是Zettelkasten:
德国人的笔记方法。就是把笔记当成一个一个的卡片，同时通过相互索引建立卡片间的链接。我的理解就是，“封装”。写代码的时候如果所有代码写到一个script里面就会非常冗长，不容易理清思路也容易出BUG。但是，通过封装成函数、类、包，把各个包调试好在主程序中调用，思路就会及其清晰，程序也会非常高效同时适合多人协作。对比了其他笔记软件后，我觉得这种方法很赞。
Zettelkasten (Slip-box) 示意图
目前Zettelkasten的软件有：The Archive, Roam Research, Obsidian, Zettlr. 前两个付费，后两个开源。
这些笔记各有各的用处和所长，唯一的问题在于，服务器的稳定性以及钱。
我感觉印象笔记和有道云是综合类的，都适合； Notion更适合合作类的，Roam更适合构思类，尤其是长时间的大项目；
3.开源类软件
markdown编辑器
- Typora：纯净是码字体验，写博客会用（尤其是在图书馆啊，咖啡厅这种地方，比开个word不知道炫酷多少倍）。深耕多年，功能越来越多。目前我看到的问题只是搜索只能全局搜索，不能按照文件夹搜索，不支持正则表达（哈哈，是不是我的要求太高了）。其他的很完美，无论是编辑，md语法，预览，本地图床和远程图床，推荐。(12/2021更新，Typora更新版本开始收费，买断式，不过官网还可以下载到免费版本)
- Zettlr：开源的更偏学术的Roam，我的上一个笔记软件。ZettelKasten式记录。不断地更新，但是功能没有Roam完善。毕竟是开源，很不容易，我还捐助过。有点是文献插入很轻松（最早人家是想用这个直接生成一篇可发表的论文的），支持LaTEX。
- VScode：微软的开源编辑器。由于广大开发者开发的插件，于是这个轻量级编辑器变得无所不能。目前用这个主要觉得查找东西方便，支持正则表达式匹配和过滤。
还有一个最给力的，就是vscode进入浏览器了！现在进入你的github仓库，按以下.，就会自动出现在线版本的vscode，可以在线编辑。或者在WSL终端输入code .就可以直接进入编辑。
总的来说，很无敌...我现在主要的md编辑器，除了和typora一样的功能外，支持正则表达式全局或者过滤搜索，找笔记相当轻松（人家本来是代码的IDE，这些对于代码来说是基本功能）。
文献和网页知识管理
- Zotero：开源文献管理软件，很厉害！文献重命名归类，网页抓取文献信息和pdf，插入word，提取pdf注释等等。还有大量插件可以扩展各种功能。
4.综上所诉的解决方案
所以，在尝试过一大堆东西后，我得到以下几种解决方案：
- 支持多设备同步的笔记本软件一步到位，包括支持富文本和markdown。之后定期导出存起来。
- 同步盘或者采用git的仓库存储+本地markdown编辑
- （还未实现）本地类似gitbook部署，看起来就是一本书
我发现最近出现了一种趋势，由于数据特别多，所以大家似乎更倾向不让自己的数据流通，或者说宣布自己的“数据主权”，再换句话说就是更加注重隐私。
比如现在家庭NAS已经越来越普遍（虽然我暂时还没有NAS），大家更倾向于把资料放在自己的NAS中，靠谱的NAS也支持多盘备份数据（似乎有一个更专业的名字），也就是一个硬盘坏了数据也丢不了的功能。于是，照片啊，电影啊，小姐姐啊什么的都可以放到NAS里面也不会怕被网盘和谐。
所以，笔记类软件我也想要一个本地的，也就是所有数据都在本地，如果需要备份防丢失可以放到NAS或者靠谱的云盘，随时出去带个笔记本就可以说我的所有资料都在这里。也就是，去中心化，我没必要依靠某个大公司的服务器，我的数据属于我自己。这样也不用担心网络问题或者小的笔记本软件公司突然倒闭。
5. 我与笔记软件的历史=-=
还是讲述历史……
首先是Evernote和印象笔记，我用超过3年，年年充会员，记了一大堆科研相关的笔记，最初对这个软件很满意。Evernote最初是不支持markdown的，最后它也推出了markdown，但是分屏预览感觉有点难用.…..
在我准备弃坑印象笔记的时候，看到了有道云笔记。国产云笔记、免费、空间足够大、云同步速度快、支持代码显示、数据可导出可分享，我有什么理由不用呢。Evernote的笔记也可以直接迁移到有道云，简直一条龙服务。于是我切换到有道云，不知不觉过了2年。这两年我很想冲VIP支持一下，但是VIP给的优势除了免广告这一条外，其他的我觉得都没啥用（免费的5G空间对主要记文字和部分图片的我太够用了；图片搜索并不需要，一般图片都有文字注释；其他功能灰常鸡肋...）。
上图是我用有道云笔记整理的代码。在富文本编辑中有一个“代码”，点击后出现一个框，就可以输入了。自带行号和部分语法的高亮。这个功能我很喜欢。
之后我接触到了markdown，开始在github上写博客，觉得纯文本的记录实在太美好，回不去了。写markdown最初用一些在线的markdown编辑器，之后用vscode的插件，再换成typora。其中最好的我认为是typora，完美的写作体验，本地的快速读取，尤其是19年更新的全局检索让我觉得typora肯定是我最后一个笔记软件了。
最近大火的notion在导师的推荐下我开始记录项目。最初只有fq才能上，不过改了DNS之后就好了（网上说是DNS污染？）。notion也算是云端储存，我觉得他的优势在于多人合作与多功能的整合，分享很方便，表格、数据库各种可视化很完善。唯一一点就是，不是本地化的……
之后我还试过github的gist，用于记录代码。本地，git版本管理，可分享可私有，但感觉最大的问题在于插图片不方便。
总的来说还在不断尝试，越折腾越快乐。
