最近要批量整理一大堆BAM数据,批量Map到转录组固定位点。写了一个单线程的程序,估计了一下,跑完估计得2天,完全等不了。所以开始写准备写perl语言的多线程,经过半个下午的折腾,终于找到了靠谱的方法。感叹一下,perl是不是已经被抛弃了,现在真心是python的天下。
- 项目的多线程需求
- 多线程模块Parallel::ForkManager
- 血泪史
- 我对Perl语言的理解
项目的多线程需求
我现在把文件压缩成bam格式并且index,现在需要把reads的位点定位在转录本的固定位点上。也就是这是一个单线程不怎么耗时的任务,需要用大量多线程并发来提高效率。
大约 6 分钟